Gentooなら

Gentoo に限らないけど、 root のクーロンかシステムクーロンに ntpdate で書くだけなんだよね。普通に crontab っぽく書いてもいいし、1時間おきなら /etc/cron.hourly/ あたりに実行シェル作っておいといてもいいし。